Nació de familia muy humilde en Fontiveros, España, en 1542. Su nombre era Juan Yepes.
A la muerte de su padre, la familia quedó en la miseria, y el niño era muy pequeño todavía. La mamá trabajaba en oficios domésticos en un convento. La familia se trasladó a Medina del Campo, y allí Juan empezó a aprender el oficio de tejedor, pero como no tenía aptitudes para los trabajos manuales, entró a trabajar como mandadero y enfermero del hospital, y así duró siete años.
Mientras hacía sus estudios en el colegio de los jesuitas, practicaba fuertes mortificaciones corporales.
A los 21 años fue recibido como religioso en la comunidad de Padres Carmelitas, y obtuvo el permiso de observar los reglamentos con toda la exactitud posible sin buscar excepciones en nada.
Al ser ordenado sacerdote en 1567, pidió a Dios como especial regalo que lo conservara siempre en gracia y sin pecado y que pudiera sufrir con todo valor y con mucha paciencia toda clase de dolores, penas y enfermedades.
Santa Teresa había fundado la comunidad de las Hermanas Carmelitas Descalzas y deseaba fundar también una comunidad de Padres Carmelitas que se dedicara a observar los reglamentos con la mayor exactitud posible. Mientras tanto nuestro santo le pedía a Dios que le iluminara un modo de vivir tan fervoroso que lo llevara pronto a la santidad. Y he aquí que al encontrarse los dos santos, descubrió Santa Teresa que este frailecito pequeñito, flaco y debilucho era el hombre indicado para empezar su nueva comunidad (ella lo llamaba con humor: «mi medio fraile»). En adelante la amistad entre santa Teresa y nuestro santo los hará crecer mucho en santidad y en ciencias religiosas a los dos.
Con Fray Juan (que en adelante añadirá a su nombre el apellido «De la Cruz») y con otros dos frailes fundó santa Teresa su nueva comunidad de Carmelitas descalzos y los envió a vivir a un convento muy pobre, llamado Duruelo.
Allá nace y empieza a extenderse la nueva comunidad, que tantos favores iba a traer a la humanidad. Pronto hubo varios conventos más, y al fundar su nuevo convento en Salamanca, fue nombrado como rector Fray Juan de la Cruz, el cual se dedicó con todas sus fuerzas al apostolado.
La S. Biblia dice que Dios a quien más ama, más le hace sufrir, para que gane mayores premios en el cielo. Y así lo hizo con San Juan de la Cruz. Él mismo cuenta lo que sucedió entonces: «De pronto se alejó la devoción sensible. No sentía ningún gusto al rezar y meditar, sino más bien antipatía y rechazo por todo lo que fuera devoción y oración. Llegaron los escrúpulos que hacían ver como pecado lo que no lo era. Y mientras el demonio atacaba con violentas tentaciones, la gente perseguía con calumnias».
Todo esto lo describió él en su libro titulado Noche Oscura del Alma (nombre que desde entonces se ha hecho famoso para indicar el estado especial del alma en crisis). A esto sucedió un período todavía más penoso de sequedad espiritual, y tentaciones, de manera que el alma se veía como abandonada por Dios…». Pero luego vino una inundación de luces espirituales y de santas alegrías y consolaciones, que sirvieron de premio a la paciencia con la cual había soportado todo lo anterior.
En 1571, santa Teresa lo eligió como director espiritual de ella y de las monjitas en su convento en Ávila, y escribió acerca de él: «Está obrando maravillas. El pueblo lo tiene por santo. Y en mi opinión que lo es y que lo ha sido siempre». Sus dirigidas espirituales hacían grandes progresos en santidad, al recibir sus consejos.
Pero los que no aceptaban esa nueva fundación de Padres Carmelitas descalzos, dispusieron alejarlo para que la comunidad fracasara. Y una noche llegaron por sorpresa a su habitación y se lo llevaron preso a Toledo. Allá lo tuvieron encerrado durante nueve meses en la más inhumana de las prisiones. Una piezucha oscura, cuya única ventana era altísima; sin ropa para cambiarse, sin permitirle celebrar misa, con espantosos calores en verano y tremendos fríos en invierno. Con piojos y demás insectos.
Allí sufrió San Juan de la Cruz lo que santa Teresa dice que les sucede a los santos cuando llegan a la «Sexta Morada» en santidad: insultos, calumnias, dolores físicos, hambre, sed, angustias espirituales, tentaciones de renunciar a todo su plan de santidad, etc. Más tarde cuando otros le pregunten de dónde ha sacado tanto valor para sufrir toda clase de males, responderá: «Cuando estuve preso en Toledo aprendí a sufrir».
El santo aprovechó aquellos meses de espantosa soledad e inactividad para componer alguna de sus más famosas poesías que lo han hecho célebre en todo el mundo. (En una de ella dice a Dios: «A dónde te escondiste amado – y me dejaste con gemido – Como el siervo huiste – habiéndome herido – Salí tras de Ti clamando y ya eras ido»).
En la noche de la fiesta de la Asunción, la Santísima Virgen se le apareció en sueños y le dijo: «Ten paciencia, que pronto terminará este tormento». Y señalándole una alta ventana del convento que daba al río Tajo le añadió: «Por ahí saldrás y yo te ayudaré». Sucedió que al cumplir nueve meses de estar preso, le concedieron al santo el poder salir cada mediodía unos pocos minutos a la azotea a asolearse y a hacer un poco de ejercicio físico. Y por allí vio la ventana que le había indicado la Virgen. Con un pequeño hierro fue aflojando por dentro las cerraduras de su prisión y luego rasgando sábanas y ropas, logró fabricarse un largo lazo para descolgarse hacia el precipicio por donde pasaba el tormentoso río.
Por la noche quitó las cerraduras, y salió hacia la ventana. Amarró su cuerda, y sin que los guardianes se dieran cuenta, se descolgó por el muro. Pero había calculado mal la distancia y quedó colgando a varios metros más arriba de la muralla que rodea al río. Si se dejaba descolgar sin mucha precisión, podía caer entre las aguas y se ahogaría. Se soltó y logró caer en la muralla, pero en un sitio que no tenía salida hacia la calle y donde podía ser descubierto.
Entonces se encomendó a la Santísima Virgen y de un momento a otro se sintió colocado en la parte exterior que llevaba hacia la calle.
Todo parecía como un milagro. Al amanecer corrió donde las hermanas carmelitas. Ellas lo escondieron muy bien y por más que lo buscaron luego los enviados a apresarlo no lo encontraron. Más tarde lo enviaron a un hospital lejano y así se salvó de la prisión. Estos terribles meses le dañaron su salud ya para toda la vida: pero lo hicieron crecer mucho en santidad.
Dios le había concedido una cualidad especial: la de saber enseñar el método para llegar a la santidad. Y eso que enseñaba de palabra a personas que dirigía, lo fue escribiendo y resultaron unos libros tan importantes que le han conseguido que el Sumo Pontífice lo haya declarado Doctor de la Iglesia. Algunos de sus libros más famosos son: «La subida del Monte Carmelo», y «La noche oscura del alma». Como poeta ha sido admirado por siglos a causa de la musicalidad de sus poesías y de la belleza de sus versos. Es muy popular su «Cántico Espiritual».
A San Juan de la Cruz le costaba mucho dedicarse a las labores materiales, porque su pensamiento vivía ocupado en Dios y en lo espiritual. Después de celebrar la santa misa, el rostro le brillaba de una manera especial. Su corazón ardía de tal manera en amor a Dios que hasta en su piel se sentía su inmenso calor. Las horas que pasaba en oración le parecían minutos. La gente decía que cuando daba consejos espirituales parecía estar recibiendo mensajes directamente del Espíritu Santo.
Nuestro Señor le dijo un día: ¿Juan qué regalo me pides, por lo que has escrito de mí?».
El le respondió: «Que me concedas valor para padecer por tu amor todos los sufrimientos que quieras permitir que me sucedan». Y en verdad que le fueron llegando, en gran cantidad. Hubo hombres que se dedicaron a inventarle toda clase de calumnias y hasta querían hacerlo echar de su comunidad religiosa, su salud, después de la prisión era muy deficiente, y llegaron a destituirlo de todos sus cargos y decretaron que debía irse a un convento lejano.
La flebitis y la erisipela le atormentaban una pierna, y el único modo que le permitía descansar un poco era amarrar la pierna a un lazo, y echar este sobre una alta viga y colgar así la pierna. Los superiores le propusieron dos conventos para ir a pasar sus últimos días, el de Beaza, donde estaba de superior uno que lo amaba mucho, y el de Ubeda donde el superior le tenía una tremenda antipatía.
Y él escogió el de Ubeda para poder sufrir más. Y allá fue enviado. El superior le echaba en cara hasta la comida y los remedios que le daban. Le quitó un enfermero que era muy atento y puso a que lo cuidara otro que lo trataba mal. No dejaba que le llegaran visitas, y lo humillaba sin cesar. Esto lo hacía crecer cada día más y más en santidad. Todo lo soportaba en silencio con la más admirable paciencia.
Después de tres meses de sufrimientos muy agudos, el santo murió el 14 de diciembre del año 1591. Apenas tenía 49 años. Antes de morir quiso que le leyeran unos salmos de la S. Biblia. Murió diciendo: «En tus manos Señor, encomiendo mi espíritu».
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